En
tan sólo dos días una innovadora técnica de secuenciación del genoma puede
diagnosticar trastornos genéticos en recién nacidos en una unidad de cuidados
intensivos (UCI). La principal característica de esta revolucionaria técnica es
la velocidad en la entrega de los resultados: apenas 50 horas, en comparación
con las más de cuatro semanas requeridas con los métodos actuales.
La
prueba genética no sólo podría acortar el tiempo para obtener un diagnóstico,
sino que aceleraría el inicio de los tratamientos disponibles, si los hubiera,
y recortaría el tiempo para asesorar a los ansiosos padres. Un hecho, nada
baladí, explica, Kelly Lamarco, editora de Science Translational Medicine,
revista que publica el nuevo trabajo. La espera, dice, «puede no ser la parte
más difícil para las familias que están punto de recibir un diagnóstico, pero
puede ser muy destructiva. Mientras esperan el diagnóstico, se genera mucha
angustia, falsas esperanzas, y sentimientos de culpabilidad».
Ahora,
la investigación coordinada por Stephen Kingsmore, del Centro de Medicina
Genómica del Hospital Infantil Mercy de Kansas City (EE.UU.), demuestra que con
este nuevo sistema que utiliza la secuenciación del genoma completo se puede
lograr un diagnóstico diferencial de los trastornos genéticos en tan solo 50
horas, en lugar de las actuales cuatro a seis semanas.
Sangre
y ADN
Denominada
SSAGA, la tecnología permite a cualquier médico ordenar una prueba genómica
compleja con un simple «clic». Así, con una gota de sangre y una muestra del
ADN del bebé, se puede obtener información sobre las características de
aquellas enfermedades que pueden estar afectando a un paciente. La técnica
mapea dichas características en una serie completa de alrededor de 7.500 genes
y enfermedades genéticas, algunas de las cuales desconocidas para el médico que
solicita la prueba. El sistema entonces busca cambios en el código de ADN que
explica la enfermedad del bebé.
Desde
hace 15 años se habla del potencial de la secuenciación del genoma completo
como elemento transformador de la práctica médica, señala Kingsmore, «pero
hasta ahora no hemos podido aplicar dichos conocimientos a la práctica médica».
Según el autor del trabajo, han sido varias la razones por las que este hecho
no ha sido posible: «en primer lugar, la secuenciación del genoma ha sido un
proceso demasiado lento para que fuera relevante para la práctica de la
medicina hospitalaria; además, la interpretación de un genoma completo es
extremadamente compleja para hacerlo en un marco de tiempo limitado, y, en
tercer lugar, el coste es demasiado elevado».
Para
Kingsmore, los datos de su trabajo se presentan como un cambio de paradigma en
la medicina genómica porque demuestran que es posible decodificar un genoma de
principio a fin en un par de días en una unidad de cuidados intensivos
neonatales. Así, los investigadores analizaron el genoma completo de siete
bebés gravemente enfermos y en seis han sido capaces de proporcionar un
diagnóstico molecular acelerado y acertado.
3.500
enfermedades genéticas
La
relevancia del estudio es incuestionable. Existen más de 3.500 enfermedades
genéticas conocidas, es decir, enfermedades que son causadas por una mutación
en un único gen, en su mayor parte, enfermedades de la infancia. Y la manera
definitiva para diagnosticar una enfermedad genética es secuenciar el gen que
está afectado e identificar así las mutaciones que la causan.
Entonces,
¿cómo puede este hallazgo ayudar a los bebés en las unidades neonatales de
cuidados intensivos? Por ejemplo, señala Kingsmore, en la enfermedad de Pompe,
que afecta a los bebés en el momento del nacimiento, si no se recibe
tratamiento antes del primer año de vida la probabilidad de muerte es casi del
100%; sin embargo, «si reciben la terapia de reemplazo enzimático, sus expectativas
de vida son mucho mayores, aunque no sabemos exactamente cuánto tiempo». Otro
ejemplo, la fenilketonuria o PKU, una enfermedad genética que afecta a recién
nacidos y causa discapacidad intelectual y ataques. Sin embargo, un diagnóstico
temprano y tratamiento subsecuente -una dieta carente del aminoácido
fenilalanina- permite a los niños tener una vida y desarrollo mental normales.
Y así, hasta cerca de 500 enfermedades.
Cambio
asistencial
«Hará
nuestro trabajo más sencillo», sostiene Carol Saunders, del mismo centro
hospitalario. Podemos pasar del caso de un bebé que falleció a los cinco días
de vida con signos sospechosos de un trastorno mitocondrial, «pero que no
pudimos diagnosticar», al de uno de los pacientes incluidos en este trabajo,
con epilepsia neonatal, «en el que sí hemos sido capaces de identificar la
mutación causante de la enfermedad en menos de dos minutos, algo muy difícil
porque, aunque la mutación en dicho gen ya había sido identificada como la
responsable, hay sólo unos pocos pacientes en todo el mundo diagnosticados de
esta mortal enfermedad». En otro de los bebés, detalla Suanders, afectado de
epidermolisis bullosa o «niños mariposa», localizamos una mutación en un gen
que creemos que es patógeno responsable.
Kingsmore
considera que el hecho de poder hacer un diagnóstico genético en tan poco
tiempo puede «transformar el mundo de la neonatología». Los investigadores
planean ampliar la prueba a 100 bebés o más a fin de identificar con precisión
los beneficios exactos, costes y problemas de las pruebas. Los investigadores
también creen que pueden reducir el tiempo total de prueba de 50 horas a 36
afinales del año.
Tres
mil millones de nucleótidos
La
información que hay en cada genoma es inmensa. Neil Miller, del Centro de
Medicina Genómica Pediátrica del Hospital Mercy, explica que cada genoma tiene
3,1 mil millones de nucleótidos de largo, y alrededor de tres o cuatro millones
de variantes en cada uno de nosotros. Y, para hacer una diagnóstico genético
correcto, tenemos que analizar todo.
Hacer
esto a mano puede tardar hasta un mes por cada gen; por lo tanto, explica, es
esencial que usemos software y herramientas automatizadas para hacer este
proceso muy lento. En el trabajo se han empleado dos nuevos programas de
software: SAGA, que representa los síntomas y signos con ayuda de análisis del
genoma y que en la actualidad analiza 595 enfermedades, y RUNE, que caracteriza
a cada uno de los cuatro millones de variantes que se encuentran en el genoma
de una persona.
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